A escola foi criada em 1972, pela portaria n.º 562, de 28 de Setembro e situava-se na Vila da Calheta, nas instalações pertencentes à Santa Casa da Misericórdia. Designava-se então, Escola Preparatória Simão Gonçalves da Câmara, onde funcionava apenas o ciclo preparatório. Só em 1976 / 77 foi criado o ensino unificado, equivalente aos 7.º, 8.º e 9.º anos de escolaridade.

O progressivo aumento do número de alunos e as limitações e condicionalismos físicos dessa escola levaram à construção de um conjunto de três edifícios no sítio da Vargem - Estrela que entraram em funcionamento a 22 de Novembro de 1981, tendo a escola comemorado 25 anos de existência, a 22 de Novembro de 2006.

Mais tarde, pela portaria n.º 20/94, de 27 de Fevereiro, foi atribuída a denominação de Escola Básica e Secundária da Calheta, sendo que a partir desta altura passou também a oferecer o ensino secundário.

O  conjunto foi posteriormente ampliado, em três etapas, sendo a escola actualmente composta por cinco edifícios, um pavilhão gimnodesportivo e uma piscina.  Ver fotos.

O nosso símbolo é composto por um francelho de cor azul e pode ser explicado por duas vertentes: a cor azul simboliza o céu, o mar, o espaço, a cor dominante na Terra; o francelho é uma ave de rapina típica da zona de implantação da escola e era frequentemente avistado a sobrevoar a zona sobranceira ao mar e significa a liberdade, o espaço, a identidade regional.